Quando Elisabetta I morì nel 1603, le succedette al trono Giacomo I, figlio di Maria Stuart (fatta decapitare da Elisabetta) e già re di Scozia con il nome di Giacomo IV. Durante il suo regno vi fu un deciso ritorno verso un governo della chiesa di tipo episcopale. Mentre nel periodo elisabettiano il governo della chiesa da parte dei vescovi era ritenuto tollerabile, sotto il regno di Giacomo I, molti iniziarono a sostenere che l'episcopato fosse l'unica forma di governo ecclesiastico legittima, perché ordinata da Dio, mettendosi in tal modo in rotta di collisione con le convinzioni della Chiesa Scozzese, che credeva in un governo ecclesiastico di tipo presbiteriano. Ma mentre durante il regno di Elisabetta I sia i vescovi sia i puritani avevano in comune una teologia di tipo calvinista, molti dei nuovi vescovi la rinnegavano in direzione di forme di semi-pelagianesimo o arminianesimo. I vescovi desideravano anche aumentare il numero dei riti e la fastosità della liturgia della chiesa, considerando la partecipazione regolare ai sacramenti come ”conditio sine qua non“ per conseguire la salvezza, ripercorrendo in tal modo la strada che era stata del cattolicesimo. Mentre nel XVI secolo i puritani avevano contestato l’anglicanesimo su questioni di governo ecclesiastico e di cerimonie, nel XVII secolo la divisione divenne di carattere teologico. Alla morte di Giacomo I, gli successe il figlio Carlo I nel 1625. Carlo era fortemente ad un governo della chiesa di tipo episcopale e promosse molti suoi esponenti a posizioni di responsabilità. William Laud, nominato arcivescovo di Canterbury nel 1633, cercò d'imporre l’episcopalismo con metodi coerciti, coloro che vi si opponevano erano puniti severamente. Ma nel 1637, Carlo I e Laud cercarono d'imporre a alla Scozia presbiteriana il Libro della preghiera comune (Prayer Book). Ciò provocò una reazione tale che si concluse con la guerra civile fra Carlo e il Parlamento scozzese ed inglese. La vittoria arrise al Parlamento, e Laud e Carlo I, furono giustiziati. I puritani a questo punto decisero di sopprimere l’esecrato governo episcopale. Gli scozzesi desideravano che la Chiesa d'Inghilterra avesse i medesimi usi della Chiesa di Scozia. A tale scopo, il Parlamento inglese convocò l'Assemblea di Westminster, che si radunò più di un migliaio di volte fra il 1643 e il 1649. I membri erano in maggioranza presbiteriani poiché molti dei non presbiteriani, non sentendo accolte le proprie richieste, abbandonarono l'Assemblea. L'obiettivo era quello di formulare un complesso di leggi che favorissero una comune istituzione religiosa di tipo presbiteriano. L'assemblea produsse una Guida per il culto pubblico di Dio (che rimpiazzò il Prayer Book), un Catechismo Breve e un Catechismo Ampliato e la Confessione di Westminster.

La Confessione di Westminster, rispetto ai XXXIX Articoli che aveva lo scopo di rimpiazzare, è un documento notevolmente più lungo, in cui il Calvinismo moderato degli Articoli lascia il posto a un Calvinismo più radicale. La Confessione riflette un orientamento di tipo scolastico-calvinista, ed è influenzata della ”Teologia dei Patti“ puritana e dagli Articoli Irlandesi del 1615 (che furono anche adottati per un breve periodo dalla chiesa episcopale di Irlanda). I punti più controversi della confessione sono quelli relativi alla doppia predestinazione, al patto delle opere stipulato con Adamo, alla dottrina puritana della certezza della salvezza (Questo insegnamento concorda con quello simile del Sinodo di Dordrecht. Sia per Lutero che per Calvino la fede salvifica comprendeva la certezza della salvezza, ma il calvinismo britannico del XVII secolo considerava la certezza personale come qualcosa di possibile per tutti i credenti, ma anche di distinto dalla fede salvifica. Tale posizione della Confessione condusse alcune chiese calviniste a ritenere che la certezza della salvezza fosse cosa diversa dalla salvezza). Tra i suoi estensori ricordiamo i congregazionalisti (o Indipendenti) John Owen e Thomas Goodwin, La Confessione di Westminster non fu adottata dalla Chiesa d'Inghilterra, ma fu largamente accettata dalle chiese riformate di lingua inglese. e con apportuni cambiamenti dai Congregazionalisti (Confessione di Savoy) e dalle chiese Battiste in Inghilterra e in America (Confessione di Londra). La Chiesa di Scozia l'adottò nel 1647. al posto della precedente Confessione di fede scozzese stilata da John Knox.