Secondo Calvino la Bibbia deve essere il fondamento della teologia e di ogni istituzione umana. Nelle sue intenzioni di teologo, qualsiasi ragionamento deve iniziare e  concludersi nella Scrittura. Se tale è il presupposto, non è un problema citare gli scritti  dei padri della Chiesa ed essere presente alle sottigliezze dell’eredità speculativa della teologia scolastica.
Con tale approccio, Calvino non si distingue affatto dagli altri riformatori, convinto anch'egli che il messaggio dell’evangelo non ci giunge in un vuoto di ragionamenti e presupposti, ma sempre all’interno di una determinata situazione storica di tradizione di pensiero. Tale tradizione va pertanto giudicata con l’ausilio delle Sacre Scritture, ma mai rifiutata in blocco. Per tale motivo Calvino volle enfatizzare la continuità della propria dottrina, con l'ortodossia cristiana espressa nei simboli emanati dai concili di Nicea e Calcedonia.


L'opera più importante di Calvino è senz'altro l'Institutio Religio Christiana, riveduta almeno cinque volte tra il 1536 e il 1559, ed organizzata prendendo a modello i precetti del simbolo apostolico. Essa si articola in quattro libri. Nell’edizione definitiva (1559) si pongono in evidenza le figure del "Padre", del "Figlio", dello "Spirito Santo" e della "Chiesa".


Secondo Calvino attraverso l’osservazione dell'opera della creazion si può chiaramente percepire quali siano le caratteristiche spirituali di Dio. Tale conoscenza, da Calvino definita "rivelazione generale", mette fuori questione la necessità di dovere in qualche modo convincere i non-credenti della esistenza di Dio. L'uomo risulta essere "peccatore" perchè ribelle nei confronti del contenuto di tale rivelazione. In virtù della Sua grazia, Dio, attraverso Gesù Cristo, dona agli eletti una conoscenza salvifica, che lo rende ubbidiente al Suo Creatore, è questa la cosiddetta "rivelazione speciale", manifestata per il tramite delle Sacre Scritture e resa efficace dall'opera dello Spirito.
Coloro che per opera dello Spirito, apprendono la verità sul peccato insito nella natura umana, corruttore anche dei migliori propositi di purificazione, possono pentirsi e affidarsi a Dio Padre per essere salvati.


Il peccato ereditato da Adamo ed Eva avrebbe condotto l'umanità alla rovina definitiva se Gesù Cristo non fosse giunto come profeta, sacerdote e re per chiamare gli eletti alla vita eterna con Dio. Una volta chiamati i prescelti a una nuova vita, Cristo li rigenera mutando progressivamente il loro carattere, rendendolo sempre più simile al proprio.



Lo Spirito Santo, terza persona della Trinità, rende possibile non solo l'esistenza e  l'inerranza della Bibbia in quanto scritto, quanto anche lo studio e la devozione di essa da parte dei credenti.
Lo Spirito è attivamente presente nella devozione e crescita dei figli di Dio (santificazione); consentendo che la resurrezione di Gesù conduca i salvati nella perfezione della presenza di Dio, dispensando nel contempo la giusta condanna a quanti saranno stati ribelli alla volontà divina.
L’opera dello Spirito è particolarmente presente in relazione alla dottrina della Cena del Signore. Come per Lutero, Calvino ritiene che il pane e il vino non debbano essere intesi quali semplici "simboli", così come erano convinti i riformatori svizzeri: Ecolampadio e Zwingli.
Calvino affermava: "Perchè Gesù Cristo non ci offre solo il beneficio della Sua morte e risurrezione, ma anche il Suo proprio corpo, nel quale ha sofferto ed è risuscitato. Concludo che il corpo di Cristo ci è dato realmente nell’Eucarestia, cioè realmente, per essere cibo salutare per le nostre anime" (Commentaire sur I Corinthies, XI, 24).
Per tale vicinanza di pensiero a Lutero, non gli fu difficile sottoscrivere la Confessione Augustana e la Formula di Concordia. Ma Calvino precisa che la propria concezione della presenza reale del Cristo negli elementi del pane e del vino, non è quella della consustanziazione di Lutero, nè quella della "ubiquità" dei luterani della seconda generazione.
Secondo Calvino, i luterani fraintendevano indebitamente la corporeità della natura umana del Cristo, da questi a loro dire, conservata anche dopo l'ascensione al cielo, e facendola coincidere con l'ubiquità, che è una caratteristica generale delle tre persone della Trinità (tale obiezione era già stata formulata da Zwingli).
Al contrario, Cristo risuscitato è ora, nella interezza e completezza della sua natura divina e umana, assiso alla destra del Padre, il Suo corpo è pertanto in un luogo preciso dello spazio sovrannaturale.
Non è la carne e il sangue del Cristo "in persona", ad essere presente nelle specie, quanto piuttosto i suoi benefici spirituali. I benefici del Cristo, giungono al fedele nel mentre consuma le specie del pane e del vino, grazie all'azione dello Spirito Santo. Il fedele, tramite la consumazione spirituale delle specie del pane e del vino, è spiritualmente "innalzato al cielo".


La Chiesa di Dio è costituita dall'insieme delle comunità locali dove si riuniscono i fedeli. I sacramenti (battesimo e Cena) sono "mezzi di Grazia", donati da Dio per l'educazione e la crescita degli eletti. La Chiesa, per Calvino è una "madre", una in tutti i tempi, ed ha il compito della predicazione, dell'ascolto della Parola divina e della retta amministrazione e somministrazione dei sacramenti.
Pur essendo la vera Chiesa nota solo a Dio, la Chiesa visibile è legata alla realtà mondana attraverso i ministri e il clero, benchè la sua autorità non possa dipendere dalla rettitudine dei suoi membri.
Calvino nega che facciano parte della chiesa coloro che non accettano la proibizione contenuta nella Bibbia di "non aggiungere o togliere alcunchè" alla Parola di Dio, pensando con ciò ai papisti e agli anabattisti.


Calvino sottolinea la stretta connesione tra sovranità di Dio, elezione del peccatore, predestinazione a salvezza (non diversamente da quanto Lutero aveva asserito nel saggio del 1926 intitolato "De servo arbitrio"), radicalità del peccato dell'uomo disobbediente e autonomo nei confronti di Dio, divina autorità e normatività delle Scritture e necessità di una vita cristiana attiva. Tali insegnamenti costituiscono propriamente la spina dorsale del calvinismo.

Calvino sulla scia delle asserzioni del filosofo Duns Scoto, rifiuta di giustificare la predestinazione del peccatore a salvezza o perdizione (doppia predestinazione) come una semplice "previsione" di meriti da parte di Dio, circa quanto l'uomo compirà liberamente. Infatti la prescienza di Dio, non è una semplice conoscenza anticipata dei futuri atteggiamenti dell'uomo. Dio elegge (predestina) alcuni uomini a salvezza e altri a perdizione, affinchè possa rimanere fermo il Suo proposito di salvare uomini a prescindere dalle loro opere. Calvino è convinto, diversamente da Lutero (per il quale la fede ha come unico interesse la salvezza del peccatore), che non solo giustificazione e santificazione siano simultanee, essendo entrambe aspetti differenti dell'unico dono di Cristo, ma anche che l'essenza del cristianesimo non sia costituito dalle sole dottrine della giustificazione per fede, della salvezza eterna, e del miglioramento morale dell'uomo. Nella prospettiva calvinista, l'uomo non è collocato al "centro" del progetto divino, poichè l'unico "centro" è Dio stesso. L'etica calvinista sottolinea con forza che l'interesse che deve assorbire il credente, non è tanto quello della propria salvezza e serenità, quanto della ricerca di quanto "glorifica Dio". In breve l'uomo, per ripetere un'affermazione del Catechismo di Westminster: "è creato per conoscere Dio e gioire in Lui."